國家重點實驗室 
       集成芯片與系統全國重點實驗室 
       腦功能與腦疾病全國重點實驗室
       應用表面物理國家重點實驗室
       遺傳工程國家重點實驗室
       聚合物分子工程國家重點實驗室
       心臟病全國重點實驗室（參與共建）
       克服遞藥屏障高端製劑全國重點實驗室（參與共建）
       光伏科學與技術全國重點實驗室（參與共建）
       大型客機集成技術與模擬飛行全國重點實驗室（參與共建） 
國家應用數學中心
       上海國家應用數學中心
國家醫學中心
       國家兒童醫學中心（上海）
       國家傳染病醫學中心
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國家臨床醫學研究中心
       國家老年疾病臨床醫學研究中心
       國家放射與治療臨床醫學研究中心
國家製造業創新中心
       國家集成電路創新中心
國家產教融合創新平臺
       國家集成電路產教融合創新平臺
國家野外觀測臺站
       上海長江河口濕地生態系統國家野外科學觀測研究站
教育部前沿科學中心
       腦科學前沿科學中心
教育部集成攻關大平臺
       新一代集成電路技術集成攻關大平臺
上海數學中心
       上海數學中心